Múzeum bolo založené ako súkromné v roku 1905 MUDr. Pavlom Blahom. V súčasnosti má štatút regionálnej zbierkotvornej, vedecko-výskumnej a kultúrno-výchovnej inštitúcie. Zabezpečuje komplexnú múzejnú dokumentáciu v okresoch Skalica, Senica a dokumentáciu etnických a kultúrnych vzťahov Záhoria so susednými regiónmi na celom jeho historickom území.